这个游戏的三周目还是和之前一样，是在主角自己的家里面开始的。首先会将超梦部分补充了同时由于在完成了一周目之后npc都会自动的归位，所以冠军之路还是需要再走一次的，走完才可以进洞。进洞了以后沿着楼梯下去，就可以达到超梦在的地方了，然后就可以收服了。收服完成了以后然后去枯叶寺和道馆，在这里找到船长并且要和它对话，然后再回到决战的位置，直接按照二周目走的路线再走一遍，就可以将创世神进行捕捉了。然后还可以捕捉混沌神，因为是修复版的所以不会和之前一样死机了，玩家可以放心的去捕捉。在自己的家门口就可以自己传送到最后的岛屿，去了那里以后自己和老爷爷进行对话就可以回来了，而且坂木在这里还开了一个中药店，这里也有一些训练师可以去挑战一下，一共是五个，这五个全部都挑战完了以后基本上三周目就差不多了。