鼓浪屿的三丘田码头和内厝澳码头的区别总共分为以下三点：

第一，内厝澳是一个新建的码头，而三丘田码头是在原有码头上扩建的。

第二，内厝澳码头坐落在鼓浪屿的西边，而三丘田码头则是在东北边。

第三，内厝澳码头的规模和硬件设施都是非常厉害的，18年的五一开始试运营，后来也暂时关闭了。而三丘田码头的扩建是在原来的三丘田旅游码头的基础上，两个泊位和两个通道，运力比之前增加一倍。18年5月底，三丘田码头扩建可基本完工，进入收尾。