自来水公司代征污水处理费，污水处理费一般是在水费中一同收取，由自来水公司代收。自来水水费征收率为3%，污水处理费税率为6%，用于对城镇的污水排放管道(下水道)的改造和维护。自来水(公司)随水费收取污水处理费，应开具由国家税务局监制的普通发票，不论购销双方是否为增值税一般纳税人，收取污水处理费，一律不得开具增值税专用发票。

根据相关规定：对各级政府及主管部门委托自来水厂(公司)随水费收取的污水处理费，免征增值税，销售免税项目不得开具增值税专用发票。因此，自来水公司收取污水处理费时，不能开具增值税专用发票。