转基因菜籽油和非转基因菜籽油的区别如下：1、原料不同。转基因菜籽油是用转基因的油菜籽榨取的，是人工改变基因而培育出来的品种；非转基因度菜籽是我国原有的菜籽品种，原料是天然的农作物。2、出油率不同。转基因菜籽油是从转基因菜籽中提炼出来的油，出油率较高；非转基因菜籽油出油率相对较低。3、健康影响不同。转基因菜籽油有化学成分，再加上各种添加剂，相对来说对人体有害；非转基因菜籽油是一种天然作物油，对人体无害。